जाकिर नाईक पर भारत में मनी लॉन्ड्रिंग, नफरत भरे भाषण और मुस्लिमों को आतंकवाद के लिए प्रेरित करने के आरोप लगे हैं। मलेशिया में भी नाईक को कई जगहों पर भाषण देने से रोक दिया गया है। इनमें मेलका, जोहोर,सेलंगर, पेनांग, केदाह, पर्लिस और सरवक शहर शामिल हैं।