सिकंदर लोधी पहले दिल्ली सुल्तान थे जिन्होंने अपना मुख्यालय आगरा किले में स्थानांतरित कर दिया और वहां से शासन किया। उन्होंने इसे अपनी "दूसरी राजधानी" बनाया था।

(1517-1526) पानीपत की लड़ाई में इब्राहिम लोधी ने किला खो दिया। (1526-1530) बाबर ने इब्राहिम को हरा सत्ता संभाली। (1530-1540) हुमायूं। 

शेर शाह सूरी ने किले पर कब्जा किया।1555 तक सूरी राजवंश के अधीन रहा। - हुमायूं ने इसे पुनः प्राप्त किया। (1555-1556) हेमू। अकबर ने हेमू को हरा कर पानीपत और आगरा पर कब्जा कर लिया।

1558 में जब अकबर आगरा आया तो उसके इतिहासकार अबुल फजल ने उसे बताया कि बर्बाद हुए महल को "बादलगढ़' के नाम से जाना जाता है। अकबर ने इसे राजस्थान के लाल बलुआ पत्थरों से बनवाया था।

शाहजहां को सफेद संगमरमर से चीजें बनाने की आदत थी। उसने आगरा किले में भी कुछ संरचनाओं का पुनर्निर्माण किया। आधुनिक आगरा के किले को इस प्रकार और खूबसूरती मिली।

जब उसने अपनी अंतिम सांस ली, तो शाहजहां को उसके बेटे औरंगजेब ने किले में अपदस्थ और प्रतिबंधित कर दिया था। अफवाह यह है कि शाहजहां की मृत्यु मुसम्मन बुर्ज में हुई थी।

किला 1857 के भारतीय विद्रोह के दौरान लड़ाई स्थल था, जो ब्रिटिश ईस्ट इंडिया कंपनी के शासन के अंत का कारण था। इसने अंग्रेजों द्वारा भारत के प्रत्यक्ष शासन की एक सदी का नेतृत्व किया।

आगरा किले के दो द्वार हैं- दिल्ली गेट और लाहौर गेट जिसे अमर सिंह राठौर के नाम पर अमर सिंह गेट भी कहा जाता है।

इस इमारत की वास्तुशिल्प आश्चर्यजनक है (2004 में वास्तुकला के लिए आगा खान पुरस्कार भी जीता)। बंगाल और गुजरात में लगभग 500 इमारतें आगरा किले से प्रेरित डिजाइन पर बनाई गई थीं।

शाहजहां के अलावा किले के अंदर की इमारतों को बैरक बनाने के लिए अंग्रेजों ने नष्ट कर दिया था।

आगरा के किले में जोधा बाई के महल की दीवार में लगी दरारों से आप ताजमहल को देख सकते हैं। किले की दीवारें 70 फीट ऊंची हैं। आगरा किले का खास महल लाल किले में दीवान-ए-खास का मॉडल था।

नगीना मस्जिद आगरा के किले में शाहजहां द्वारा निर्मित एक छोटी लेकिन उत्तम मस्जिद है। यह पूरी तरह से किले की महिलाओं के लिए बनाया गया था।

आगरा किले में दीवान-ए-खास में शाहजहां का प्रतिष्ठित "मयूर सिंहासन' था, जो शानदार कोहिनूर सहित कीमती पत्थरों से युक्त था।

शीश महल हम्माम में डेकोरेटिव वॉटर इंजीनियरिंग के लिए एक उदाहरण स्थापित करता है। दर्पण जो संगमरमर से अधिक कीमती थे, दीवारों में स्थापित किए गए थे।