एनीस का जन्म केरल के पिरवोम जिले के एक छोटे से गांव पंपाकुड़ा में हुआ। उनके पिता पंपाकुड़ा गांव में ही धान की खेती करते हैं। श्रमिकों की कमी होने के कारण उनकी मां भी उनके पिता के साथ खेती में हाथ बटाती हैं। एनीस ने 10वीं की पढ़ाई पिरवोम जिले के एक स्कूल से पूरी की और हाई स्कूल की पढ़ाई के लिए वे एर्नाकुलम गईं।
एनीस कनमनी जॉय को पिता ने डॉक्टर बनाने के लिए पढ़ाया। पर हालात ऐसे रहे कि वो MBBS में दाखिला नहीं मिला तो नर्स ही बन गई। पर बेटी कुछ बड़ा करना चाहती थी। उसे समाज में नर्स के तौर पर वो सम्मान नहीं मिल रहा था जिसकी उसे इच्छा थी। मुश्किल हालातों में एनीस को सही मार्गदर्शन मिला। दो अलग रेल यात्राओं में उन्हें UPSC (IAS) एग्जाम की तैयारी करने की सलाह मिली।
पर समस्या ये थी कि उनके गरीब किसान पिता कोचिंग की लाखों रु. की फीस नहीं भर सकते थे। ऐसे में अखबार पढ़-पढ़ के एनीस ने तैयारी करने की ठानी और एक नर्स ने अपने अफसर बनने तक के सफर को तय किया।