महेश भट्ट का निजी जीवन खूब चर्चा में रहा। 1970 में उन्होंने किरण भट्ट से शादी की, जिससे उनके दो बच्चे, पूजा और राहुल भट्ट, हैं। लेकिन परबीन बॉबी से इश्क के चलते किरण उनसे अलग हो गईं। महेश और परवीन बॉबी का अफेयर 3 साल तक चला। दोनों लिव-इन में थे, लेकिन परवीन की मानसिक बीमारी के कारण महेश ने उन्हें छोड़ दिया था।