मीडिया रिपोर्ट्स के मुताबिक, नाना का अफेयर जब मनीषा कोइराला से चल रहा था, तो यह बात उनकी पत्नी नीलकांति को पता चली। इसके बाद नीलकांति उन्हें छोड़कर चली गई थीं। हालांकि, नाना ऐसी किसी भी बात से इनकार करते हैं। एक इंटरव्यू में नाना पाटेकर ने बताया था- हम आज भी अक्सर मिलते हैं और एक-दूसरे का ख्याल रखते हैं।