शाही ईदगाह मस्जिद श्रीकृष्ण जन्मभूमि मंदिर परिसर से सटी है। आरोप है कि औरंगजेब ने प्राचीन केशवनाथ मंदिर तोड़कर उसी जगह शाही ईदगाह मस्जिद बनवाया। इसी के सर्वे की मांग है।

दिल्ली के कुतुब मीनार को लेकर भी विवाद गहराया है। हिंदू संगठनों का दावा है, इस मस्जिद का निर्माण कुतुबुद्दीन ऐबक ने 27 हिंदू-जैन मंदिरों को तोड़कर करवाया था। इस पर विवाद चल रहा है

यूपी के जौनपुर स्थिति अटाला मस्जिद पर भी विवाद है। इसका निर्माण 1408 ई. में इब्राहिम शरीकी ने करवाया था। हिंदुओं का कहना है अटाला देवी मंदिर तोड़कर अटाला मस्जिद का निर्माण हुआ है।

मध्यप्रदेश के धार स्थित कमल मोला मस्जिद पर भी विवाद है। हिंदू पक्ष का कहना है कि यहां माता सरस्वती का प्राचीन मंदिर भोजशाला रहा है। जिसे नष्ट कर कमल मौलाना मकबरा बना दिया था।

पश्चिम बंगाल के मालदा स्थित अदीना मस्जिद को लेकर अलग-अलग दावा है। जानकार बताते हैं कि सिकंदर शाह ने आदिनाथ मंदिर को तोड़कर अदीना मस्जिद बनवाया। यहां हिंदू मंदिरों के नक्कासी हैं।

अहमदाबाद स्थित जामा मस्जिद को लेकर जानकारों का कहना है कि मस्जिद को भद्रकाली मंदिर को नष्ट कर बनवाया था। अहमदाबाद का प्राचीन नाम भद्रा था। भद्रकाली मंदिर परमार राजाओं ने बनवाया था।

गुजरात के पाटन स्थित जामी मस्जिद को लेकर दावा है कि रुद्र महालय मंदिर को अलाउद्दीन खिलजी ने नष्ट कर दिया। बाद में अहमद शाह प्रथम ने मंदिर के हिस्सों को जामी मस्जिद में बदलाव दिया।