पहली फिल्म होने के बाद मनीषा कोइराला ने धड़ाधड़ फिल्में साइन की लेकिन इनमें से ज्यादा फिल्में फ्लॉप साबित हुई। फिर 1994 में आई फिल्म 1942 ए लव स्टोरी ने मनीषा को दोबारा स्टार बना दिया। इसके बाद उन्होंने क्रिमिनल, बॉम्बे, अकेले हम अकेले तुम, दुश्मन जैसी सुपरहिट फिल्मों में काम किया।