मुशर्रफ ने 1961 में पाकिस्तान सैन्य अकादमी में प्रवेश लिया। 1964 में उन्हें पाकिस्तानी सेना में नियुक्त किया गया। मुशर्रफ ने अफगान गृहयुद्ध में सक्रिय भूमिका निभाई। मुशर्रफ ने 1965 के भारत-पाकिस्तान युद्ध के दौरान सेकेंड लेफ्टिनेंट के रूप में युद्ध को देखा। 1980 के दशक तक, वह एक आर्टिलरी ब्रिगेड की कमान संभाल रहे थे। 1990 के दशक में, मुशर्रफ को मेजर जनरल के रूप में पदोन्नत किया गया, एक पैदल सेना डिवीजन सौंपा गया। हालांकि, बाद में उनके टैलेंट को देखते हुए विशेष सेवा समूह की कमान संभाली। इसके तुरंत बाद, उन्होंने उप सैन्य सचिव और सैन्य अभियानों के महानिदेशक के रूप में भी कार्य किया।
नवाज शरीफ ने किया था जनरल को प्रमोट
सेना में एक लंबे करियर के बाद वह 1998 में तत्कालीन प्रधान मंत्री नवाज शरीफ के अधीन स्टाफ के प्रमुख बने। शरीफ ने जनरल को फोर स्टार जनरल के रूप में प्रमोट किया और इसके बाद वह तीनों सेनाओं के प्रमुख बन गए।