विटामिन बी12, आयरन, जिंक और ओमेगा-3 फैटी एसिड जैसे कुछ आवश्यक पोषक तत्व नॉनवेज में पाए जाते हैं। प्लांट बेस्ड डाइट में इन पोषक तत्वों की कमी हो सकती है।
प्लांट बेस्ड प्रोटीन में कुछ जरूरी अमीनो एसिड की कमी हो सकती है। हालांकि कई पौधों के प्रोटीन सोर्स का गठबंधन इसकी भरपाई कर सकता है। प्लांट बेस्ड फूड के लिए अच्छी प्लानिंग चाहिए।
कुछ पौधों के खाद्य पदार्थ विशेष रूप से फाइबर में हाई सूजन और गैस जैसी पाचन संबंधी असुविधा पैदा कर सकते हैं। खासकर उन व्यक्तियों के लिए जो हाई फाइबर डाइट के आदी नहीं है।
पौधों में ऑक्सालेट्स, फाइटेट्स और टैनिन जैसे एंटीन्यूट्रिएंट्स होते हैं जो खनिजों के अवशोषण में हस्तक्षेप कर सकते हैं। जिससे संभावित रूप से पोषक तत्वों की कमी हो सकती है।
सोया एक सामान्य प्लांट बेस्ड प्रोटीन सोर्स है। इसमे ऐसे कंपाउंड होते हैं जो एस्ट्रोजन की नकल कर सकते हैं। हार्मोनल असंतुलन और सोया से एलर्जी भी कुछ लोगों को हो सकती है।
प्लांट बेस्ड डाइट में ड्राई फ्रूट्स, सीड्स और ग्रेन पर बहुत अधिक निर्भर करते हैं। जोआम एलर्जी कारक हैं। एलर्जी से पीड़ित व्यक्तियों के लिए प्लांट बेस्ड डाइट की सही प्लानिंग चाहिए।
कुछ प्लांट बेस्ड फूड के खास प्रोडक्ट और ऑर्गेनिक प्रोडक्ट पारंपरिक पशु उत्पादों की तुलना में अधिक महंगे हो सकते हैं। जो संभावित रूप से लोगों के जेब के लिए महंगे हो सकते हैं।
कुछ क्षेत्रों में प्लांट बेस्ड विकल्प सीमित हो सकते हैं। जिसस् लोगों के लिए अलग-अलग तरह के पौष्टिक प्लांट बेस्ड फूड्स ढूंढने में तकलीफ हो सकती है।