व्हाट्सएप ने हमेशा दावा किया है कि उसके सभी मैसेज एंड-टू-एंड एन्क्रिप्टेड हैं। यानी कोई तीसरा व्यक्ति उन तक नहीं पहुंच सकता है। यहां तक कि व्हाट्सएप और फेसबुक भी नहीं। व्हाट्सएप का एंड-टू-एंड एन्क्रिप्शन एक सिग्नल प्रोटोकॉल का इस्तेमाल करता है, जो तीसरे पक्ष और व्हाट्सएप को मैसेज या कॉल तक पहुंचने से रोकता है।