ऐसा माना जाता है कि नेताजी की मौत जापान में किसी हवाई दुर्घटना में हुई थी, मगर अब तक इसका कोई पुख्ता प्रमाण नहीं मिल सका है। 17 मई, 2006 को पेश की गई जस्टिस मुखर्जी कमीशन की रिपोर्ट में कहा गया कि रंकजी मंदिर में पाई जाने वाली राख नेताजी की नहीं थी। हालांकि इस रिपोर्ट को भारत सरकार ने ठुकरा दिया, और यह मामला आज भी एक रहस्य ही है।