कच्चे अलसी के बीजों में सायनोजेनिक यौगिक होते हैं, जो मेटाबोलाइज होने पर साइनाइड छोड़ सकते हैं। बीजों का अधिक सेवन गंभीर स्वास्थ्य समस्याएं पैदा कर सकता है। हालांकि मात्रा आमतौर पर कम होती है और मध्यम सेवन के लिए हानिकारक नहीं होती है, लेकिन इस जोखिम को कम करने के लिए पिसे हुए अलसी के बीजों का सेवन करना बेहतर होता है।
पोषक तत्वों के अवशोषण में बाधा: विशेषज्ञों के अनुसार, अलसी के बीजों का अधिक सेवन, उनके उच्च फाइबर और फाइटेट सामग्री के कारण, कुछ पोषक तत्वों, विशेष रूप से जस्ता और कैल्शियम जैसे खनिजों के अवशोषण में हस्तक्षेप कर सकता है, जिससे कई तरह की कमियां हो सकती हैं।
गैस्ट्रोइंटेस्टाइनल समस्या: पर्याप्त पानी के बिना इन बीजों का अधिक सेवन गैस्ट्रोइंटेस्टाइनल ट्रैक्ट में रुकावट पैदा कर सकता है, खासकर पहले से मौजूद पाचन समस्याओं वाले लोगों में, और आंतों की समस्याओं और संक्रमण का कारण बन सकता है।