संसद में गोडसे पर बयान देने के एक दिन बाद प्रज्ञा ठाकुर ने माफी मांगी। उन्होंने कहा कि मैंने नाथूराम गोडसे को देशभक्त नहीं बताया था। यहां तक की मैंने उनका नाम भी नहीं लिया। मैं दोबारा माफी मांगती हूं, अगर किसी की भावनाओं को ठेस पहुंची हो। माफी मांगने के बाद उन्होंने बिना नाम लिए राहुल गांधी पर निशाना साधा।