सरकारी व कई धार्मिक संस्थाओं द्वारा चलाए जाने वाले बाल गृहों में आयोग को धर्म विशेष में आस्था रखने पर जोर देने का मामला मिला है। जिस पर संरक्षण आयोग ने राज्य सरकारों को पत्र लिखा है। आयोग ने कहा, बच्चों को देश के नागरिक के तौर पर उनके बुनियादी अधिकारों से वंचित किया जा रहा है।